药学部是集药品供应管理、药品质量控制、临床药学开展及科研教学为一体的药学技术服务部门，是无锡市临床重点专科、国家卫健委临床药师培训基地（妇产科专业）、国家药品不良反应哨点医院、江苏省规范药房、江苏省巾帼文明岗、江苏省药学会科普基地、无锡市青年文明号。每年承接临床药师培训、硕士生本科生教学工作。
药学部硕博士占比26%，拥有临床药师14名、硕士生导师1名。药学部下设药品调剂科、临床药学科和药物临床试验办公室。其中临床药学科下设临床药学室、药学实验室、药学情报室、药品不良反应监测室、药学门诊等部门，开展药学门诊、处方审核、用药咨询、用药教育、药学查房、用药监护和居家药学等药学服务项目。
药学部重视药学研究，发展定位是建立以药师主导的药物临床研究与评价体系、完善以药师主导的个体化药物治疗体系。以一体两翼模式发展临床药学，以药学实验室为主体开展精准化、个体化给药项目，两翼分别是与江南大学和原子能研究所进行院校合作，主攻儿童药品的研发与转化、呕吐毒素相关机制和肿瘤药物耐药机制和检测方法研究。